PHÒNG HÓA HỌC CÁC HỢP CHẤT THIÊN NHIÊN
(1970 -1985)

Ý tưởng thành lập Viện Hóa học các hợp chất thiên nhiên hiện nay được hình thành từ năm 1967 khi Uỷ ban Khoa học và Kỹ thuật Nhà nước triệu tập những cuộc họp bàn và đề xuất về một Viện nghiên cứu đa ngành về hóa học trong đó bao quát đủ các bộ môn Hóa Vô cơ, Hoá Hữu cơ, Hóa Lý, Hóa Công nghệ… để phục vụ cho nhiều ngành công nghiệp từ luyện kim màu cho đến vật liệu cao phân tử. Tuy nhiên do hoàn cảnh đất nước đang trong thời kỳ chiến tranh, việc thành lập Viện mới chỉ trên ý tưởng đề xuất và chưa có lộ trình cụ thể để thực hiện. Tham khảo ở nước ngoài, người Đức với truyền thống về trình độ, năng lực vốn có cũng đã phải mất trên hai mươi năm thời bình mới có được một liên hợp hóa than ở Bitterfeld và một liên hợp hóa dầu ở Schwedt tại Đông Đức song họ lại có một tổ hợp Hóa mỹ phẩm ở Miltitz và một tổ hợp Hóa dược ở Iena, nhỏ thôi không là gì so với hai liên hợp khổng lồ nói trên mà hiệu quả kinh tế quy về vốn liếng bỏ ra chẳng kém gì vì họ làm Hóa tinh vi. Câu hỏi đặt ra sao chúng ta không bắt đầu từ cái nhỏ trước? không làm Hóa tinh vi trước? Sao không khai thác ngay tài nguyên thực vật vốn dồi dào về chủng loại, phong phú về trữ lượng, lại đều đặn tái sinh trước? Đó là những ý tưởng hình thành đề án đề xuất một kiểu Viện khác, Viện chuyên ngành chuyên làm Hóa học các hợp chất thiên nhiên, nhằm vào ba mảng tài nguyên: cây có tinh dầu, cây có dầu béo, cây thuốc với định biên khoảng 40 cán bộ. Đến năm 1970 thì có Quyết định thành lập Phòng nghiên cứu Hóa học các hợp chất thiên nhiên trực thuộc Uỷ ban Khoa học và Kỹ thuật Nhà nước (theo hồi ký của PGS.TS Nguyễn Hữu Khôi).
Ban đầu Phòng Hóa học các hợp chất thiên nhiên được tiếp quản cơ sở làm việc ở số nhà 208D phố Đội Cấn với tổng diện tích làm việc là 88m2. Sau đó quan hệ hợp tác với Hợp tác xã thuốc dân tộc Chùa Bộc và được sử dụng nhờ 2 gian nhà 24m2 ở đường Thái Hà – Hà Nội.
Cơ cấu tổ chức gồm bộ phận Quản lý hành chính (diện tích phòng làm việc 12m2), các nhóm chuyên môn (sử dụng 4 gian 12m2 làm phòng thí nghiệm), ngoài ra còn có Ban kiến thiết (thành lập năm 1971).
Việc hình thành Phòng Hóa học các Hợp chất thiên nhiên đã nhận được quan tâm của Lãnh đạo Ủy ban Khoa học và Kỹ thuật Nhà nước và các nước XHCN. Giữa năm 1970, Đông Đức quyết định tài trợ cho Việt Nam một khoản tiền 500.000 rúp chuyển đổi (rúp vàng) để trang thiết bị toàn bộ cho một Viện Hóa học các hợp chất thiên nhiên; hàng sẽ do Đông Đức cung cấp, tiền tạm ứng cho vay để rồi sau sẽ trả dần cũng bằng hàng qua đường Ngoại thương (tuy nhiên sau năm 1975 Đông Đức đã quyết định xoá khoản nợ này). Đầu năm 1971 chuyên gia khoa học phía bạn sang trao đổi với Phòng về nội dung trang thiết bị toàn bộ, thống nhất sẽ có 4 cụm phòng thí nghiệm với một cơ sở pilot thực nghiệm. Phía bạn sẽ thiết kế kỹ thuật còn ta thiết kế kiến trúc. Đơn hàng sau khi hai Nhà nước duyệt sẽ được thực hiện qua đường ngoại thương qua hai công ty thiết bị toàn bộ của hai bên. Ngay sau đó, một Ban kiến thiết riêng được thành lập có KTS. Nguyễn Quốc Luật chịu trách nhiệm về kiến trúc xây dựng và KS. Nguyễn Quốc Thái chịu trách nhiệm về thiết bị toàn bộ, dưới sự chỉ đạo trực tiếp của Phó Chủ nhiệm UBKHKT Nhà nước Lê Khắc. Năm 1972 toàn bộ thiết bị đã ào ạt về đến cảng Hải Phòng và cuối năm 1972 KTS. Nguyễn Quốc Luật sang Berlin tiếp thu phần thiết kế kỹ thuật. Địa điểm xây dựng cũng đã được ấn định tại vị trí toà nhà 4 tầng (nhà A18 hiện nay), kiến trúc do Bộ Xây dựng thiết kế. Công trình được bàn giao đưa và sử dụng từ năm 1985.
Năm 1978, Viện Hóa học được thành lập theo Quyết định số 230/CP của Chính phủ, để thống nhất khối Hóa, Phòng Hóa các hợp chất thiên nhiên chuyển về trực thuộc Viện Hóa học thuộc Viện Khoa học Việt Nam (nay là Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam).
Sau sự kiện giải phóng miền Nam thống nhất đất nước (1975), năm 1976, Phòng Hóa học các hợp chất thiên nhiên tại miền Nam đã được hình thành thuộc Viện Khoa học Việt Nam (01 Mạc Đĩnh Chi, Tp HCM) (PGS. Nguyễn Hữu Khôi - Trưởng phòng được cử vào miền Nam để thực hiện nhiệm vụ trên). Năm 1978, Phòng triển khai lên Đà lạt và năm 1981 đã bắt đầu xuống Nha trang làm Hóa hợp chất thiên nhiên biển. Ngành hóa học các hợp chất thiên nhiên đã phát triển khắp cả nước.

TRUNG TÂM HÓA HỌC CÁC HỢP CHẤT THIÊN NHIÊN 
(1985-1990)

Đây là giai đoạn đất nước gặp nhiều khó khăn và thử thách do bối cảnh lịch sử quốc tế. Tuy nhiên hoạt động của Viện không bị xáo trộn mà còn có xu hướng “tự thân vận động” tốt hơn và tiếp tục phát triển mạnh mẽ.
Ngày 7/5/1985, Viện trưởng Viện khoa học Việt Nam đã ký Quyết định 287/VKH thành lập Trung tâm Hoá học các hợp chất thiên nhiên trực thuộc Viện Khoa học Việt Nam (nay là Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam) trên cơ sở phòng Hóa học các Hợp chất thiên nhiên và Xưởng thực nghiệm được tách ra từ Viện Hóa học. 
Chức năng, nhiệm vụ của Trung tâm:
1. Nghiên cứu khai thác hợp lý các hợp chất thiên nhiên từ tài nguyên sinh vật ở đất liền và dưới biển gồm có:
a. Phát hiện, nghiên cứu và khai thác các chất có hoạt tính sinh học trong các tài nguyên sinh vật ở đất liền và dưới biển, chuyển hóa và tổng hợp chúng thành những chất có giá trị cao phục vụ cho nông nghiệp, y tế và xuất khẩu.
b. Nghiên cứu các nguồn tinh dầu hương liệu, từ đó tinh chế những đơn chất quí phục vụ cho các nghành công nghiệp thực phẩm và mỹ phẩm trong nước và xuất khẩu.
2. Nghiên cứu tổng hợp và bán tổng hợp các chất hữu cơ, đặc biệt là các loại hương liệu nhân tạo quí có giá trị sử dụng cao trong các ngành công nghiệp và xuất khẩu.
3. Góp phần đào tạo cán bộ thuộc lĩnh vực hóa học các hợp chất thiên nhiên.
 Cơ cấu tổ chức: Trung tâm Hóa học các Hợp chất thiên nhiên hoạt động theo chế độ thủ trưởng do một Giám đốc lãnh đạo, có 1 hoặc 2 phó giám đốc giúp việc. Các đơn vị trực thuộc có 3 phòng nghiên cứu, 1 xưởng pilot và 1 phòng làm nghiệp vụ quản lý:
+ Phòng các chất có hoạt tính sinh học, gọi tắt là phòng hoạt chất sinh học
+ Phòng nghiên cứu về tinh dầu hương liệu, gọi tắt là phòng tinh dầu hương liệu.
+ Phòng tổng hợp và chuyển hoá các hợp chất thiên nhiên, gọi là phòng tổng hợp hữu cơ.
+ Xưởng thực nghiệm Pilot.
+ Phòng quản lý tổng hợp.
Đội ngũ cán bộ: Viện có đội ngũ cán bộ khoa học gồm: 1 Phó giáo sư, 5 Phó tiến sĩ khoa học, 29 đại học (5 hợp đồng), và 7 kỹ thuật viên nhân viên thí nghiệm (3 hợp đồng).
Cơ sở vật chất: Trung tâm có 6 phòng thí nghiệm, trong đó có 1 phòng nghiên cứu về công nghệ, 2 xưởng pilot ở quy mô sản xuất có thể đáp ứng kịp thời nhu cầu nghiên cứu và triển khai. 
Nguồn vốn hoạt động từ ngân sách Nhà nước cấp thông qua các đề án, các đề tài nghiên cứu, vốn từ liên kết triển khai, từ hợp đồng kinh tế và nguồn tài trợ nước ngoài.

VIỆN HÓA HỌC CÁC HỢP CHẤT THIÊN NHIÊN THỜI KỲ ĐỔI MỚI
(1990-2010)

Sau 5 năm phát triển toàn diện và vững chắc của Trung tâm Hoá học các hợp chất thiên nhiên, Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng (nay là Thủ tướng Chính phủ) đã ký Quyết định số 65/CT ngày 05/3/1990 thành lập Viện Hoá học các hợp chất  thiên nhiên, trực thuộc Viện Khoa học Việt Nam (nay là Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam). 
• Chức năng, nhiệm vụ và tổ chức bộ máy của Viện đã được phê duyệt tại Quyết định số 147/VKH-QĐ ngày 20/03/1990 của Viện trưởng Viện Khoa học Việt Nam (nay là Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam). 
Chức năng, nhiệm vụ:
- Nghiên cứu, khai thác hợp lý các hợp chất thiên nhiên từ tài nguyên sinh vật ở đất liền và dưới biển gồm có:
+ Phát hiện, nghiên cứu và khai thác các chất có hoạt tính sinh học trong các tài nguyên sinh vật ở đất liền và dưới biển, chuyển hóa và tổng hợp chúng thành những chất có giá trị cao phục vụ cho nông nghiệp, y tế và xuất khẩu.
+ Nghiên cứu các nguồn tinh dầu, nguyên liệu từ đó tinh chế những đơn chất quý phục vụ cho các ngành công nghiệp thực phẩm và mỹ phẩm trong nước và ngoài nước.
- Nghiên cứu tổng hợp và bán tổng hợp các chất hữu cơ, đặc biệt là các loại hương liệu nhân tạo quý có giá trị ứng dụng cao trong các ngành công nghiệp và xuất khẩu.
- Góp phần đào tạo cán bộ thuộc lĩnh vực Hóa học các hợp chất thiên nhiên.
Cơ cấu tổ chức
- Phòng nghiên cứu các chất có hoạt tính sinh học, gọi tắt là phòng Hoạt chất Sinh học.
- Phòng nghiên cứu về tinh dầu - hương liệu, gọi tắt là Phòng Tinh dầu – hương liệu.
- Phòng nghiên cứu tổng hợp và chuyển hóa các hợp chất thiên nhiên, gọi tắt là Phòng Tổng hợp hữu cơ.
- Xưởng chiết tách các hợp chất thiên nhiên.
- Xưởng Pilot.
- Phòng Công nghệ và Thiết bị.
- Phòng Quản lý tổng hợp.
Viện Hóa học các Hợp chất thiên nhiên có một Hội đồng khoa học, tổ chức và nhiệm vụ của Hội đồng khoa học theo những quy định trong “Quy chế về tổ chức và hoạt động của Hội đồng khoa học các Viện nghiên cứu chuyên ngành và các trung tâm nghiên cứu khoa học kỹ thuật” ban hành theo quyết định số 258/VKH-QĐ ngày 2/5/1984 của Viện trưởng Viện Khoa học Việt Nam.
Viện Hoá học các hợp chất thiên nhiên có 01 Viện trưởng phụ trách và có từ 01 đến 02 Phó Viện trưởng giúp việc.

• Năm 2007, chức năng, nhiệm vụ của Viện Hóa học các Hợp chất thiên nhiên đã được Chủ tịch Viện KH&CN VN phê duyệt theo đề án thực hiện cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm của Viện theo Nghị định 115/2005/NĐ-CP của Chính phủ tại Quyết định số 1537/QĐ-KHCNVN ngày 30/07/2007.
Chức năng: 
Nghiên cứu cơ bản và nghiên cứu triển khai về các lĩnh vực Hoá học các hợp chất thiên nhiên, hoá dược và vật liệu mới.
Nhiệm vụ:
- Nghiên cứu khai thác hợp lý các hợp chất thiên nhiên từ tài nguyên sinh vật ở đất liền, dưới biển và vi sinh vật gồm có:
+ Phát hiện, nghiên cứu khai thác các chất có hoạt tính sinh học trong các tài nguyên sinh vật ở đất liền, dưới biển và vi sinh vật, chuyển hoá và tổng hợp chúng thành những chất có giá trị cao phục vụ cho công nghiệp dược, nông nghiệp và xuất khẩu.
+ Nghiên cứu các nguồn tinh dầu, hương liệu, từ đó tinh chế những đơn chất quí phục vụ cho các ngành công nghiệp thực phẩm, mỹ phẩm và xuất khẩu.
- Nghiên cứu tổng hợp toàn phần và bán tổng hợp chất chất hữu cơ, đặc biệt là các chất có hoạt tính sinh học, các loại hương liệu nhân tạo quý có giá trị sử dụng cao trong các ngành công nghiệp và xuất khẩu.
- Nghiên cứu công nghệ phục vụ cho các ngành công nghiệp về các lĩnh vực hoá học các hợp chất thiên nhiên, công nghiệp dược, thực phẩm.
- Xây dựng và triển khai các phương pháp đánh giá hoạt tính sinh học, các phương pháp phân tích thành phần dược liệu thiên nhiên và tổng hợp, phân tích cấu trúc các hợp chất thiên nhiên.
- Nghiên cứu và triển khai sản xuất, kinh doanh các hoá chất phục vụ công nghiệp dược, công nghiệp thực phẩm, mỹ phẩm, công nghiệp điện tử, nhiên liệu sinh học, nông nghiệp, bảo vệ môi trường, thăm dò và khai thác dầu khí.
- Đào tạo cán bộ sau đại học thuộc lĩnh vực Hoá học các hợp chất thiên nhiên.
Từ năm 1991, Viện được giao là cơ quan đại diện quốc gia Việt Nam của mạng lưới Hóa hợp chất thiên nhiên thuộc UNESCO khu vực ROSTSEA.
Cơ cấu tổ chức:
- Đơn vị quản lý nghiệp vụ: Phòng Quản lý tổng hợp.
- Các đơn vị trực thuộc
+ Phòng Hoạt chất sinh học.
+ Phòng Hoá hữu cơ.
+ Phòng Hoá Sinh biển.
+ Phòng Sinh học Thực nghiệm.
+ Phòng Công nghệ Hoá học.
+ Phòng Phân tích hữu cơ và Nghiên cứu cấu trúc.
+ Phòng Hoá dược.
+ Phòng Hoá Sinh nông nghiệp và Nguyên liệu khoáng.
+ Phòng Công nghệ khai thác và chế biến tài nguyên thiên nhiên.
+ Tập thể khoa học LC-MS.
+ Trung tâm Nhiên liệu sinh học Tài nguyên và Môi trường.
+ Văn phòng làm việc tại Trạm Nghiên cứu tổng hợp đa ngành Tài nguyên Môi trường Miền Trung - Đồng Hới - Quảng Bình.
+ Liên hiệp Khoa học sản xuất Công nghệ hoá học (đơn vị hoạt động theo Nghị định 35).

VIỆN HÓA HỌC CÁC HỢP CHẤT THIÊN NHIÊN
THỜI KỲ HỘI NHẬP VÀ PHÁT TRIỂN
(2010-nay)

Đây thực sự là thời kỳ hội nhập và phát triển. Giai đoạn này Viện có nhiều chuyển biến về hội nhập quốc tế, có rất nhiều các ký kết, thỏa thuận hợp tác được ký giai đoạn này, có nhiều đoàn ra, đoàn vào với mục trao đổi khoa học, trao đổi đào tạo cán bộ, học tập và mở thêm hướng hợp tác mới. Các đề tài hợp tác song phương, hợp tác theo Nghị định thư tăng lên góp phần thúc đẩy các công bố quốc tế của Viện cũng tăng đáng kể.
• Chức năng, nhiệm vụ và tổ chức bộ máy của Viện được phê duyệt tại Quyết định số 203/QĐ-VHL ngày 25/02/2013 của Chủ tịch Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam.
Chức năng: Nghiên cứu cơ bản và nghiên cứu triển khai về các lĩnh vực Hoá học các hợp chất thiên nhiên, hoá dược và vật liệu mới.
Nhiệm vụ: 
- Nghiên cứu khai thác hợp lý các chất thiên nhiên từ tài nguyên sinh vật ở đất liền, dưới biển và vi sinh vật gồm có:
+ Phát hiện, nghiên cứu khai thác các chất có hoạt tính sinh học trong các tài nguyên sinh vật ở đất liền, dưới biển và vi sinh vật, chuyển hoá và tổng hợp chúng thành những chất có giá trị cao phục vụ cho công nghiệp dược, nông nghiệp và xuất khẩu.
    +  Nghiên cứu các nguồn tinh dầu, hương liệu, từ đó tinh chế những đơn chất quí phục vụ cho các ngành công nghiệp thực phẩm, mỹ phẩm và xuất khẩu.
- Nghiên cứu tổng hợp toàn phần và bán tổng hợp chất chất hữu cơ, đặc biệt là các chất có hoạt tính sinh học, các loại hương liệu nhân tạo quý có giá trị sử dụng cao trong các ngành công nghiệp và xuất khẩu.
- Nghiên cứu công nghệ phục vụ cho các ngành công nghiệp về các lĩnh vực hoá học các hợp chất thiên nhiên, công nghiệp dược, công nghiệp thực phẩm.
- Xây dựng và triển khai các phương pháp đánh giá hoạt tính sinh học, các phương pháp phân tích thành phần dược liệu thiên nhiên và tổng hợp, phân tích cấu trúc các hợp chất thiên nhiên.
- Nghiên cứu và triển khai sản xuất, kinh doanh các hoá chất phục vụ công nghiệp dược, công nghiệp thực phẩm, mỹ phẩm, công nghiệp điện tử, nhiên liệu sinh học, nông nghiệp, bảo vệ môi trường, thăm dò và khai thác dầu khí.
- Đào tạo cán bộ tiến sỹ chuyên ngành “Hoá học các hợp chất thiên nhiên” mã số 62.44.27.02 (nay là 9 44 01 17).
* Theo giấy chứng nhận hoạt động khoa học công nghệ số A-995 ngày 19/9/2011 được Bộ Khoa học và Công nghệ cấp lại thì chức năng, nhiệm vụ của Viện Hóa học các hợp chất thiên nhiên như sau:
- Nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ về hóa học các hợp chất thiên nhiên, hóa dược, thực phẩm, nông nghiệp, môi trường và chế biến tài nguyên thiên nhiên.
- Sản xuất, kinh doanh các sản phẩm trên cơ sở kết quả nghiên cứu hoặc cải tiến công nghệ phục vụ công nghiệp dược, thực phẩm, nông nghiệp, bảo vệ môi trường, thăm dò và khai thác dầu khí.
- Dịch vụ KH&CN: Đào tạo nâng cao trình độ chuyên môn, tư vấn, thiết kế và chế tạo thiết bị, phân tích, thẩm định, giám sát, chuyển giao công nghệ trong các lĩnh vực nghiên cứu trên.
Cơ cấu tổ chức:
- Đơn vị quản lý nghiệp vụ: Phòng Quản lý tổng hợp.
- Các đơn vị chuyên môn trực thuộc: 14
+ Phòng Hoạt chất sinh học.
+ Phòng Hoá sinh hữu cơ.
+ Phòng Hoá dược.
+ Phòng Sinh học Thực nghiệm.
+ Phòng Công nghệ và thiết bị hoá học.
+ Phòng Phân tích hóa học.
+ Phòng Công nghệ khai thác chế biến tài nguyên thiên.
+ Phòng Hoá Sinh nông nghiệp và Tinh dầu.
+ Phòng Hóa môi trường - CTC.
+ Trung tâm Hóa thực vật và Công nghệ nano y sinh 
+ Trung tâm Phát triển công nghệ sạch và Vật liệu.
+ Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển các sản phẩm thiên nhiên 
+ Phòng Tổng hợp hữu cơ 
+ Văn phòng làm việc tại Trạm Nghiên cứu tổng hợp đa ngành Tài nguyên Môi trường Miền Trung - Đồng Hới - Quảng Bình.