Ngày 25 tháng 02 năm 2013, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam ban hành Quyết định số 203/QĐ-VHL Quyết định ban hành Quy chế Tổ chức và hoạt động của Viện Hóa học các Hợp chất thiên nhiên. Theo đó, Viện Hóa học các Hợp chất thiên nhiên là đơn vị sự nghiệp nghiên cứu khoa học trực thuộc Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam, có chức năng, nhiệm vụ:
1. Chức năng:
Nghiên cứu cơ bản, điều tra cơ bản, phát triển công nghệ và đào tạo nguồn nhân lực có trình độ cao trong lĩnh vực hoá học các hợp chất thiên nhiên và các lĩnh vực khác có liên quan theo quy định pháp luật.
2. Nhiệm vụ:
a) Nghiên cứu cơ bản, điều tra cơ bản các hợp chất thiên nhiên từ tài nguyên sinh vật ở đất liền, dưới biển và vi sinh vật;
b) Phát hiện, nghiên cứu khai thác hợp lý các chất có hoạt tính sinh học trong các tài nguyên sinh vật ở đất liền, dưới biển và vi sinh vật, chuyển hóa và tổng hợp chúng thành những chất có giá trị cao phục vụ cho công nghiệp dược, nông nghiệp và xuất khẩu;
c) Nghiên cứu các nguồn tinh dầu, cây thuốc, hương liệu; tinh chế những đơn chất quí phục vụ cho các ngành công nghiệp thực phẩm, mỹ phẩm và xuất khẩu;
d) Nghiên cứu tổng hợp toàn phần và bán tổng hợp chất chất hữu cơ, đặc biệt là các chất có hoạt tính sinh học, các loại hợp chất nano y sinh, các loại hương liệu nhân tạo quý có giá trị sử dụng cao trong các ngành công nghiệp và xuất khẩu;
e) Nghiên cứu công nghệ, kỹ thuật và thiết bị phục vụ cho các ngành công nghiệp về các lĩnh vực hoá học các hợp chất thiên nhiên, công nghiệp dược, mỹ phẩm, thực phẩm, nông nghiệp và môi trường;
f) Nghiên cứu và triển khai các phương pháp xác định cấu trúc hóa học, phân tích thành phần hóa học, các phương pháp sàng lọc, đánh giá hoạt tính sinh học, đánh giá hàm lượng, chất lượng các sản phẩm có nguồn gốc tự nhiên và tổng hợp;
g) Dịch vụ khoa học, tư vấn và chuyển giao công nghệ, thiết kế và chế tạo thiết bị, giám sát, thẩm định, triển khai công nghệ trong lĩnh vực hóa học các hợp chất thiên nhiên và các lĩnh vực khác có liên quan;
h) Đào tạo nguồn nhân lực khoa học và công nghệ có trình độ cao trong lĩnh vực hóa học các hợp chất thiên nhiên và các lĩnh vực khác có liên quan;
i) Hợp tác quốc tế trong lĩnh vực hóa học các hợp chất thiên nhiên và các lĩnh vực khác có liên quan;
k) Quản lý về tổ chức, bộ máy; quản lý và sử dụng cán bộ, công chức, viên chức của đơn vị theo quy định của Nhà nước và của Viện Hàn lâm khoa học và Công nghệ Việt Nam;
l) Quản lý về tài chính, tài sản của đơn vị theo quy định của Nhà Nước.